（一）主观因素未发论文的检测一般由负责编辑该篇文章的编辑进行，编辑具有一定的学科背景，并全程跟踪该篇文章，可以及时发现与学术不端检测系统检测结果相悖的问题并调整。已发论文一般都是第三方检测，因为论文学科范围涉及很广，检测者和检测报告使用者都不可能有全面的学术背景。
检测者根据电脑检测结果出具检测报告，而使用者对检测报告的数据进行阅读，并据此判定被测者是否具有入门资格。
由于单纯以检测报告上的数据为依据，再加上有些作者写作不规范，文章没有正确引用等，以上原因使部分检测结果和真正的抄袭率存在一定的差距，难以体现的公正性。基于对学术不端检测系统的研究，笔者曾提出要正确辨别“文字复制比”与“文章抄袭率”。
我们通常在检测报告上看到的“文字复制比”是系统提供的有抄袭嫌疑的文字，知网论文查重“文章抄袭率”是已经定性的抄袭文章的比例。[4]在实际操作中要能够正确辨析“文字复制比”的真伪，即使不懂文章的学术内容，还是可以通过一些通用规则来辨别抄袭程度。
（二）客观因素Cnki期刊文献检测系统以“中国学术期刊网络出版总库”为全文比对数据库，目前支持的稿件类型包括：DOC、TXT、CAJ、KDH、NH、PDF共五种格式，可以从词、句子、段落等多层面检测学术不端行为。[5]检测系统的功能说明显示该系统可以对多种文献进行检测，但事实上，不同类型的电子文档，在多次检测中会出现检测值不相同的现象。
如一位研究者在中国期刊网中检索出2篇题名相同作者不同的文章，他将这2篇文章的.caj版本下载并利用AMLC检测，发现2篇稿件与其自身的对比结果也并非(一篇是64%，另一篇是77%)。另外一个案例指出同篇文章以不同的格式检测，竟然造成检测结果有20个百分点的差别。
[6]不同的文档形式会对检测结果产生较大的影响，这可能是系统是以word文档作为基准，其他类型文档在“外形比对”辨认的过程中可能还存在一些技术等方面的问题。
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